FAQ: Metagenome

7 faits de l'étude du génome total de bactéries

Le génome total d'une communauté d'organismes a appelé metagenome. Par exemple, là metagenom bactéries vivant dans la bouche humaine. En fait, ce n'est pas très exact, parce que dans les plaques dentaires vivent une communauté, la langue sur le haut des autres vies, du fond - le troisième et cetera. Il a été pensé que les communautés bactériennes sont très diverses, mais il n'y avait aucune bonne façon de décrire cette diversité.

1. Une des surprises importantes, quand les méthodes pour l'analyse en identifiant l'ordre génétique, c'était juste comment la grande variété. Ce sont des centaines de génomes, de la majorité duquel ne savait auparavant rien. Ils ne sont pas cultivés, c'est-à-dire nous ne pouvons pas les étudier par les agents microbiologiques classiques et la seule chose que nous pouvons faire avec eux - est d'étudier et comparer leurs ordres genomic.

2. Dans l'homme, les cellules bactériennes sont au moins 10 fois plus grandes que sa propre cellule. De la perspective des bactéries nous simplement grande promenade à pied à la maison. Clairement la cellule bactérienne est plus petite considérablement que les cellules humaines, mais, néanmoins, 1-2 kilos de bactéries nous portons.

3. L'homme - cet organisme symbiotique, parce que nous sommes des bactéries qui vivent dans nous, dépend très. Par exemple, ils communiquent avec notre système immunitaire. Beaucoup de maladies autoimmunisées, la maladie d'intestin particulièrement autoimmunisée, sont une conséquence de pauvreté la flore bactérienne : le système immunitaire commence à courir sec. Dans une certaine mesure, nos bactéries protège contre les agents pathogènes : si vous avez une communauté bactérienne en bonne santé et vous avez dans les bactéries pathogènes internes, ils ne seront pas capables de pénétrer dans cette communauté. En plus, nous le métabolisme nous produisons avec ces bactéries. Les vitamines produisent la flore intestinale pour nous : nous recevons un peu de leur nourriture et faisons une fraction significative de nos bactéries intestinales. L'injection de Cyanocobalamin - est essentielle pour la synthèse d'ADN.

Il y a un certain nombre de projets internationaux pour l'étude et la comparaison de parties du différent microbiome humain. Vous pouvez décrire leur diversité et nous pouvons essayer de décrire les propriétés fonctionnelles du microbiome en général. De différentes personnes ont microbiome individuel. Il est connu que les gens obèses et la structure maigre de types différents de bactéries qui vivent dans l'intestin. Cela peut être enquêté expérimentalement : vous prenez plusieurs chiots stériles, quelques bactéries infectent un autre - l'autre et même si les chiots des mêmes détritus, certains pèseront sur dizaines de pour cent plus que d'autres pour la même alimentation.

4. D'un point de vue médical, un impact très significatif d'antibiotiques parce que les antibiotiques - sont ce qui tue des bactéries. Tuez vous voulez l'agent pathogène, mais vous Grass et sa propre flore bactérienne. Là ne sont pas très appétissants, mais une procédure raisonnable, quand une personne avant de lui donner les grandes doses d'antibiotiques, recueille des échantillons de tabouret et ensuite restituer la microflore intestinale, ces échantillons sont inoculés en arrière ses intestins.

Il y a tout à fait un grand groupe de bactéries, les soi-disant opportunistes, qui sont toujours présents et normalement aucun effet sur une personne n'a pas et l'affaiblissement du corps avec de hautes doses d'antibiotiques, en changeant la microflore ou a des problèmes avec l'immunité, ils commencent à causer la maladie.

Un exemple typique - est Staphylococcus aureus, il est présent sur la peau de moitié des gens et erysipelas dans cela n'arrive pas toujours du tout. La plupart de ces bactéries ne sont pas cultivées.

5. Il y a de beaux travaux metagenomic l'analyse des océans du monde. Craig Venter - un des auteurs des premiers articles du génome humain et de son grand projet suivant était juste une analyse metagenomic de l'océan. Il a acheté un bateau et a navigué de Terre-Neuve à l'Isthme du Panama dans l'Océan Pacifique et sur la voie a décroché l'échantillon d'eau et détermine ensuite l'ordre les génomes de bactéries qui vivent dans ces échantillons. Des bactéries qui habitent les océans du monde, nous savons tout à fait un peu et c'est une grande part dans la production d'oxygène, comparé avec les forêts, que nous sommes si activement défendent. Le volume d'oxygène fait des cyanobacteria unicellulaires dans l'océan.

6. Il y a des exemples exotiques et très beaux de pauvres espèces d'étude microbiome associé aux conditions inhabituelles. Par exemple, il y a une ancienne mine en fer avec l'eau acide, en fait elle est diluée l'acide sulfurique. Il y a plusieurs types de bactéries vivantes. D'habitude quand vous faites metagenomics, reconstruisez ensuite des génomes complets ne peut pas : vous avez obtenu des morceaux. Et quand peu d'espèces et lisent avec beaucoup de morceaux, alors ils commencent à coller ensemble dans les génomes complets. Là est déjà disponible un hybride de classiques microbiologiques et les approches de metagenomic.

7. Il y avait aussi une magnifique histoire d'un ver Olavius algarvensis marin, qui n'a pas d'estomac. Au lieu de cela il a quelques-uns la peau vivante dans les bactéries de symbiose. De nouveau nous sequenced tout d'un coup et avons décrit le rapport du métabolisme entre ces espèces : un ver d'acides aminés fait quelqu'un l'aide fournissant substrates pour la respiration. Du ver ont besoin aussi des bactéries pour ramper cela, comme ils eux-mêmes ne peuvent pas voyager sur de longues distances. Cela retourne un chariot qui bouge à où la concentration désirée de soufre, fer et dioxyde de carbone. Individuellement, toutes ces créatures pour devenir impossible : ils peuvent exister seulement comme une entité simple. C'est une si magnifique histoire metagenomic.